Genetické príčiny
Vývojové abnormality embrya prenesené buď z genetickej informácie vajíčka, alebo spermie môžu spôsobiť zastavenie embryonálneho vývinu. Niektoré abnormality na chromozómoch sú zlučiteľné s ďalším vývojom a životom plodu (napríklad známa trizómia 21 spôsobujúca Downov syndróm).
Genetické príčiny potratov sú najčastejšie u žien vo veku nad 35 rokov, ale vek otca môže rovnako zohrať rolu. Vek je rizikový a u žien okolo 40 rokov je pravdepodobnosť potratu z genetických príčin dvojnásobná, ako u žien po dvadsiatke.
Genetické príčiny ovplyvňujú aj niektoré ochorenia súvisiace s krvou – napríklad vysokú zrážanlivosť krvi z dôvodu prítomnosti mutácií niektorých chromozómov. Známy je tzv. Faktor V Leiden, ktorý je síce pomerne vzácny (pokiaľ ho žena zdedí od oboch rodičov), ktorý spôsobuje trombofilné stavy vedúce často k potratom.
Trombofílie sa dajú odhaliť genetickým vyšetrením a potratu sa počas tehotenstva predchádza aplikovaním injekcií na riedenie krvi.
Imunologické ochorenia
Podobne ako genetické abnormality, ani imunologické dôvody potratov sa nedajú ovplyvniť. Zvyčajne sú ukryté najmä za opakujúcimi sa potratmi. Niektoré druhy protilátok (napríklad antifosfolipidové protilátky v krvi) dokážu spôsobiť, že telo nie je schopné prijať plod a všemožne sa snaží ho vypudiť.
Imunologické dôvody bývajú najmä za spontánnymi potratmi, ktoré sa zopakujú tri a viackrát. Bývajú aj príčinou predčasných pôrodov pred 34. týždňom tehotenstva.
Pritom tieto protilátky má v krvi približne 5 % žien a ich prítomnosť sa nedá ovplyvniť. Na druhej strane, pokiaľ sa o nich pred tehotenstvom vie, vhodnou liečbou je možné znížiť riziko potratu.
Ochorenia štítnej žľazy a cukrovka
Problémy so štítnou žľazou neraz spôsobujú neplodnosť a môžu byť aj za opakujúcimi sa potratmi. Ak produkuje štítna žľaza príliš veľa hormónov, môže ovplyvniť činnosť maternice a spôsobiť jej krvácanie.
Podobne ohrozené sú aj ženy s cukrovkou. Hladina inzulínu musí byť pod kontrolou aj počas tehotenstva, pretože v prvom trimestri hrozí vyššie riziko spontánneho potratu a počas celého tehotenstva je bábätko ohrozené, že sa narodí s vrodenými chybami.